Puede que alguna vez necesites hacer eso. Yo lo hice y funcionó (teniendo instalado Linux +WinXP)
Los pasos a seguir son los siguientes:
Prepara un disquete de arranque de MS-DOS o Windows
Prepara el gestor de arranque MasterBooter (lo bajas de www.masterbooter.com)
Haz copia de todos los ficheros creados con Linux
Inicia el ordenador con el disquete de inicio
Borra el MBR. Advertencia: te quedarás sin sector de arranque en tu disco duro (con lo que hay posibilidad de que no sepas o no puedas arrancar ningún sistema operativo). Para borrarlo teclea:
FDISK /MBR
Recupera tu Windows con el masterbooter (es posible que también se pueda recuperar windows con otros gestores de arranque como Boot Magic (en disquete)
Una vez iniciado el ordenador con Windows, formatea todas las particiones de Linux (usa partition magic u otro programa similar)