RETABLO CENTRAL:  Data de 1878 y sustituye a otro anterior. Es obra de Fray José Rodríguez. Consta de tres cuerpos: el primero y el tercero de orden corintio y el segundo compuesto. En el centro destaca la imagen de la “Purísima” (S.XX), copia de otra imagen venida de Roma en el siglo XVIII. A la izquierda Santo Domingo de Guzmán, fundador de la Orden de Predicadores (orden religiosa que nació a la par de los franciscanos). Y a la derecha San Buenaventura, primer cardenal de la Orden Franciscana (esta imagen fue tallada en Roma hacia 1750).  

    En el segundo cuerpo destaca una imagen de San Francisco (esculpida en el siglo XVIII por José Ferreiro). A ambos lados sendos medallones con el escudo de la Orden Franciscana (los brazos de Cristo y Francisco entrecruzados sobre una cruz) y con la “Cruz de Tierra Santa” y las cinco llagas de San Francisco.

    En el tercer cuerpo (el más elevado) sobresale una imagen que representa a Santa Clara (primera mujer que abrazó el estilo de vida de Francisco de Asís).

    RETABLOS LATERALES:  Hay hasta quince. Casi todos son obra de Fray José Rodríguez en los más diversos estilos (barroco, churrigueresco...).

    Nave del oeste o “del Evangelio”:  Es la de la izquierda según se entra en el templo. De inmediato, junto a la puerta, nos encontramos con el conjunto escultórico del “Tránsito de San José” que originariamente estaba en la Capilla del Hospital Real de esta ciudad (actual Hostal de los Reyes Católicos).

    A continuación se pueden contemplar tres retablos dedicados a un santo, a un beato y a varios mártires francisca adornada con nácar que permaneció

    En el brazo del crucero un retablo rinde culto a una imagen del Sagrado Corazón de Jesús, proveniente de la iglesia compostelana de San Agustín.

    Los tres últimos retablos acogen las imágenes de la Virgen de Valvanera, patrona de La Rioja (se trata de una reproducción de la imagen bizantina del monasterio benedictino de Valvanera-Logroño), el “Cristo de la Buena Muerte” y San Benito de Palermo.

     Nave del este o “de la Epístola”: Es la de la derecha según se entra en el templo. Cerca de la puerta se halla el sepulcro del Beato Juan de Prado, mártir en Marruecos. Sobre el mismo se yergue una cruz que era empleada en el oficio de Semana Santa del “desenclavo”.

    A continuación nos encontramos con las imágenes de San Luís de Anjou (obispo de Toulousse), San Bernardino de Siena, San Diego de Alcalá y la Virgen del Carmen.

    En el brazo del crucero destaca la imagen de San Antonio de Lisboa y de Padua realizada en Roma en 1.750 y que goza de gran veneración popular.

    Finalmente, los últimos retablos acogen las imágenes de San José con el Niño, la Dolorosa y San Francisco Blanco, mártir en Japón en 1.597 (religioso de esta Provincia Franciscana).