.Fue mandada construir por el Cardenal Cisneros a finales del s. XV sobre el lugar en que, según la tradición, fueron martirizados los Santos Niños Justo y Pastor..El edificio fue diseñado por los hermanos Antón y Enrique Egas en estilo Gótico tardío, Su disposición recuerda, a escala reducida, la de la Iglesia Primada de Toledo. Su planta consta de tres naves con bóvedas de crucería, arcos ojivales y girola, que comunica las dos naves laterales por detrás del presbítero. .Es, junto a la iglesia de San Pedro en Lovaina (Bélgica), la única Magistral del mundo. Para que el Papa concediese esta categoría, los canónigos de la iglesia debían ser "magister" (profesores) de la Universidad. .En el siglo XVII se incorporaron al edificio el claustro procesional, la capilla de San Pedro, utilizada como Sagrario y lugar de Exposición del Santísimo y la torre-campanario todas ellas construidas de acuerdo con los ideales de la arquitectura contrarreformista. Ya desde su construcción la Magistral fue dotada de un gran número de objetos artísticos. .El sepulcro de Gregorio Frenández y las rejas del prebisterio, fundidas por Juan Francés "maestro maior de las obras de fierro de España", sintonizaban con las formas platerescas del retablo mayor realizado a comienzos del siglo XVI por Felipe Vigarny y León Picardo, lamentablemente destruidos dos siglos más tarde a comienzos de la Guerra Civil, el edificio fue incendiado, lo que hizo que desapareciesen las piezas de mayor valor artístico: coro, órgano, trascoro, retablo, tapices. Se conservan, sin embargo, cuatro rejas de gran calidad obra de Juan Francés: las tres que protegen el presbítero y la que está situada a los pies del edificio. 
.Bajo el altar mayor se encuentra el sepulcro de los Santos Niños, al que se accede desde la girola por dos puertas clasicistas con relieves alusivos a su tormento, y donde se conservan sus reliquias en una urna de plata labrada en el siglo XVIII..En la capilla situada al lado de la Virgen, se conserva en una urna de plata dorada, el cuerpo incorrupto del franciscano San Diego de Alcalá - Santo con fama de milagrero que da nombre a la ciudad de California (USA), el Altar utilizado para su canonización, ambos regalos de Felipe II, y un gran número de objetos de plata y marfil entre los que sobresalen el Cáliz de Cisneros y la arqueta de los sentidos. También conserva una rica colección de pinturas, entre las que podemos admirar el San Luis con donante, de Bartolomé Cardicho. .En el exterior del templo destaca la imponente torre - campanario comenzada a construir sobre trazas de Rodrigo Gil de Hontañon a mediados del s. XVI y terminada con estética herriana un siglo más tarde. |